Najstarszy pewny ślad organizacji parafialnej w Wołowie pochodzi z 1288 roku, kiedy w źródłach pojawia się miejscowy proboszcz Mikołaj. Początki świątyni sięgają więc czasu formowania średniowiecznego miasta. Przekazy o dokładnej dacie powstania pierwszego, drewnianego kościoła nie są jednak zgodne.
W kronice zachowano informację o poświęceniu nowego chóru w 1393 roku, za księcia Konrada II oleśnickiego. Kolejne prace przy sklepieniach przypadały na lata 1406–1408. Wielki pożar z 1465 roku ponownie wymusił odbudowę.
Najważniejszy piastowski rozdział tej świątyni wiąże się z Janem II Żagańskim, zwanym Szalonym. Książę zmarł 22 września 1504 roku i został pochowany przed głównym ołtarzem. Fara jest zatem miejscem rzeczywistego pochówku przedstawiciela dynastii, a nie jedynie budowlą związaną z jej panowaniem.
Kościół zachował również świadectwa późniejszych epok. 20 maja 1715 roku podpisano umowę na organy z Adamem Horatiusem Casparinim. Instrument później przekształcano, lecz zachował się historyczny prospekt. W jednej świątyni spotykają się średniowieczna architektura, piastowski pochówek i barokowa kultura muzyczna.